Tháng 8 ÂL cùng năm, Hồ Tông Hiến – vốn đã đáp ứng cho thủ lĩnh ngụy Uy khấu (hải tặc người Hoa hợp tác với Uy khấu) là Từ Hải quy thuận – dưới sự thúc bách của Triệu Văn Hoa, đành hạ lệnh cho Đại Du tiến đánh Từ Hải ở Đông Thẩm Trang. Đại Du từ Hải Diêm đưa quân đến, khi ấy đã có 6000 quân của Triệu Văn Hoa ở đấy (nhưng không dám xông vào). Đại Du tiến đánh, phá được, Từ Hải thua chạy đi Lương Trang (chưa rõ); quan quân nhân gió lớn mà phóng hỏa, rồi nổi trống xông vào; bọn cướp tan vỡ, bị giết hơn 1600 người, Từ Hải hoang mang nhảy xuống biển tự sát. Mùa đông năm ấy, triều đình xét công tham gia bình định Từ Hải, được gia Đô đốc thiêm sự [11].

Sau cái chết của Từ Hải, Uy khấu ở Chiết Tây chỉ còn ở Chu Sơn thuộc Ninh Ba, bọn chúng cậy hiểm kháng cự, quan quân chưa thể hạ được. Bấy giờ thổ binh, lang binh [12] đều đã bỏ về, mà các nơi Xuyên, Quý điều 6000 quân của Ma Liêu (nay là trấn Tẩu Mã, Hạc Phong, Hồ Bắc), Đại Lạt (chưa rõ), Trấn Khê (nay là Cát Thủ, Hồ Nam), Tang Thực mới đến. Đại Du nhân tuyết lớn, 4 mặt tấn công. Uy khấu tử chiến, giết được 1 viên thổ quan; quan quân càng hăng, đốt phá hàng rào của địch; bọn cướp chịu chết cháy phần lớn, những kẻ xông ra đều bị giết. Quan quân giết sạch Uy khấu ở Chu Sơn, Đại Du được gia thự Đô đốc đồng tri.

Năm sau (1557), Hồ Tông Hiến muốn chiêu hàng Uông Trực, nghe theo Lư Thang, cho phép Trực thông thương; Đại Du ra sức phản đối. Đến khi đình thần gây sức ép, Tông Hiến đành nuốt lời, bắt giam Trực, khiến con nuôi của Trực là Mao Hải Phong chiếm cứ Chu Sơn, ngăn trở Sầm Cảng chống lại. Đại Du quay về đánh Mao Hải Phong, nhưng gặp phải địa thế hiểm trở, tướng sĩ lên núi phần nhiều tử thương, mà Uy khấu mới lại cập bến Thẩm Gia Môn. Triều đình giục Tông Hiến rất gấp, ông ta nói bừa để đối phó. Đình thần cạnh khóe Tông Hiến, rồi hặc Đại Du. Vì thế Đại Du bị đoạt chức Tổng binh, Thích Kế Quang bị đoạt chức Tham tướng, kỳ hạn trong 1 tháng phải bình được giặc. Bọn Đại Du sợ, càng ra sức tấn công, bọn cướp càng tử thủ.

Tháng 7 ÂL năm thứ 37 (1558), Uy khấu từ Sầm Cảng dời đi Kha Mai (nay là trấn Bạch Tuyền). Bọn Đại Du chặn lại, đánh chìm một cỗ thuyền, trước sau giết được 4 – 5000 tên địch. Năm thứ 38 (1559), tàn dư Uy khấu ở Kha Mai chạy thoát dương buồm về nam, xuôi dòng cướp bóc Mân, Quảng; vì Chiết Giang gần như không còn Uy khấu, nên Hồ Tông Hiến ngầm thả chúng đi, không đốc thúc chư tướng chặn lại. Việc này bị ngự sử Lý Hô hặc, Tông Hiến bèn đổ tội cho Đại Du, khiến đế giận, bắt ông giam vào Chiếu ngục [13], lại đoạt thế ấm.